Sous réserve des dispositions du présent décret, le centre national et les centres régionaux sont soumis aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.Une comptabilité analytique fait apparaître les résultats d'exploitation pour chacun des domaines d'activités spécialisées.
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