Les magasins généraux sont soumis aux mesures générales de police concernant les lieux publics affectés au commerce, sans préjudice des droits du service des douanes lorsqu'ils sont établis dans des locaux placés sous les régimes des entrepôts douaniers prévu par le règlement (CEE) n° 2913/92 du Conseil du 12 octobre 1992 établissant le code des douanes communautaire, et du règlement (CEE) n° 2454/93 de la Commission du 2 juillet 1993 fixant certaines de ses dispositions d'application, et le régime de l'entrepôt fiscal prévu par le code général des impôts.
Le préfet surveille l'activité des magasins généraux et contrôle la régularité de leur fonctionnement.Il a libre accès aux établissements placés sous son contrôle et peut procéder ou faire procéder à toutes les vérifications et enquêtes nécessaires à l'accomplissement de sa mission.Lorsque l'exploitant est une société, le préfet reçoit communication de toutes modifications intervenues dans la présidence ou la gérance, dans le mois qui suit l'entrée en fonction du nouveau président ou gérant.
Les exploitants de magasins généraux sont tenus d'adresser dans le premier mois de chaque année, à l'inspecteur général de l'industrie et du commerce dans la circonscription duquel sont situés leurs établissements, un compte rendu général de leur activité au cours de l'année écoulée.A ce compte rendu est joint un état indiquant :1° Le niveau maximum atteint par les stocks des principales marchandises entreposées, suivant une liste qui est fixée pour la région par l'inspection générale de l'industrie et du commerce sur la proposition de la Fédération nationale des prestataires logistiques et des magasins généraux agréés par l'Etat ;2° Le montant des avances transcrites sur les warrants.
L'inspection générale de l'industrie et du commerce a délégation permanente pour exercer la surveillance et le contrôle des magasins généraux agréés incombant au préfet, dans les conditions prévues à l'article R. 522-17.L'inspection générale de l'industrie et du commerce informe le préfet des infractions constatées. Le préfet en rend compte à l'autorité qui a contresigné le décret ou pris l'arrêté d'agrément en lui proposant, le cas échéant, le retrait de l'agrément dans les cas et formes prévus à l'article L. 522-39.
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